假設父提供生父基因成為孩子生父的可能性和隨機男人提供生父基因成為孩子生父的可能性的比值叫作親權指數（paternity index，PI）。前一種可能性假設為X；后一種可能性假設為Y。上例中的假設父2基因型為24/25雜合子，他提供生父基因FGA-25的可能性為1/2，即X=1/2。隨機男人提供生父基因FGA-25的機會為該基因的頻率，即Y=0.0958。因此，此例的PI值為0.5/0.0958=5.22。如果假設父2的確是孩子的生父，則不論檢測多少位點，均不會排除他與孩子的親生關系，在所有檢測的位點，每一個位點就可以計算出一個PI值，多個位點的累計PI值等于各個位點PI值的乘積，但前提條件是所檢測的各位點之間沒有遺傳連鎖關系。

三聯體基因型組合的可歸納為三條原則：

（1）當假設父為純合子時，X=1；假設父為雜合子時，X=1/2，但雜合子假設父的2個基因均可能是生父基因時，X=1。

（2）只涉及1個生父基因時，Y值等于生父基因的頻率。

（3）若涉及2個生父基因時，Y值為2個生父基因頻率之和。